mike
Вот именно, что на карте указано только 2 десятка - междугородние не учтены.
Вот например с Силикатной до Родины же можно добраться на автобусах из Москвы, а по карте этого не поймешь
Кроме того, как ты предлагаешь понять какие автобусы идут от пункта А к пункту Б?
поочередно тыкать на их маршрут и смотреть как он проходит?
ЭТо долго
Если тыкнуть сразу на все маршуруты, то получится неразбериха
По идее это все сделать не сложно - сделать базу данных с остановками и маршрутами транспорта, 
Данные по ним можно найти по этим двум ссылкам:
http://www.podolsk.ru/transport/p2_articleid/54
http://www.podolsk.ru/transport/p2_articleid/55
Далее простейшими запросами это вытаскивается из базы данных.
Самое сложное ИМХО это перенести данные по ссылкам в базу данных.
Хотя думаю это можно скриптом сделать.